W końcu obiekt nazwano od rzymskiego boga Plutona, a oznaczono go symbolem stworzonym z liter P i L na cześć Percivala Lowella, który wyznaczył dwa możliwe położenia tego obiektu, obserwując ruch Neptuna. Pomysłodawczynią nazwy była mieszkająca w Oksfordzie, 11-letnia wówczas Venetia Burney. Swoją propozycję nazwy tłumaczyła tym, że skoro znajduje się on bardzo daleko i panuje tam bardzo duży mróz, to niech przyjmie imię od rzymskiego boga zaświatów – Plutona. Profesor Herbert Hall Turner poinformował o pomyśle swych znajomych z amerykańskiego obserwatorium, którzy jednomyślnie przyjęli nazwę. Oficjalnie została ona zaakceptowana i ogłoszona 1 maja 1930.
24 sierpnia 2006 roku decyzją Międzynarodowej Unii Astronomicznej, podjętą w Pradze, Plutonowi odebrano status planety a zaliczony został do grona nowej klasy obiektów – planet karłowatych. Jednocześnie Unia podjęła decyzję o uznaniu Plutona za prototyp plutoidów, nowej kategorii obiektów transneptunowych.