Galen twierdził, że w rodzinach Asklepiadów szkolono synów w przeprowadzaniu sekcji zwłok oraz operacji chirurgicznych. Zainteresowanie naukami przyrodniczymi, przede wszystkim biologią, Arystoteles wyniósł prawdopodobnie z domu rodzinnego.
Rodzice osierocili Arystotelesa, gdy był jeszcze chłopcem. Dokładne daty ich śmierci nie są znane. Opiekę nad przyszłym filozofem przejął krewny, Proksenos z Atarneus w Azji Mniejszej. Z nową rodziną Stagiryta związany był emocjonalnie do końca życia. Po śmierci Proksenosa, Arystoteles adoptował syna swojego dawnego opiekuna, Nikanora. Dziękował także rodzinie Proksenosa w testamencie.
W wieku 17 lat Arystoteles został wysłany do Aten, aby odebrać wykształcenie w Akademii Platońskiej. W Akademii Arystoteles spędził w sumie 20 lat, w czasie których najpierw był studentem, potem asystentem Platona i w końcu samodzielnym wykładowcą. Po śmierci Platona (348/7 r. p.n.e.) był naturalnym pretendentem do objęcia scholarchatu Akademii – jednak inni członkowie Akademii zdecydowali się wybrać Speuzypa, siostrzeńca Platona, ze względu na dużą rozbieżność wypracowanego przez Arystotelesa systemu filozoficznego z systemem Platona.