Ponadto w regionie występują ssaki, jak sarna, jeleń, łoś, dzik, borsuk, lis, kuna, zając bielak. Spotykane ptaki to m.in. łabędź niemy (jego miejsca lęgowe chronione są w rezerwacie Kolno), trzciniak, trzcinniczek, perkoz zausznik, mewa śmieszka, kaczka krzyżówka, żuraw, zimorodek.
Ochrona przyrody Rezerwaty przyrody położone na terenie Równiny Augustowskiej:
Nazwa Rodzaj Powierzchnia (ha) Przedmiot ochrony Bory nad Kanałem Augustowskim leśny 57,17 walory krajobrazowe ców nad Kanałem Augustowskim Brzozowy Grąd florystyczny 0,08 stanowisko obuwika pospolitego Dolina Rospudy im. prof. Aleksandra Sokołowskiego torfowiskowy 261,56 ekosystem torfowiskowy wraz z otaczającymi borami i lasami bagiennymi Glinki florystyczny 1,81 stanowisko pióropusznika strusiego Jezioro Kalejty krajobrazowy 740,67 wartości przyrodnicze Jeziora Długiego i krajobrazu środkowej części Puszczy Augustowskiej Jezioro Kolno faunistyczny 269,26 miejsca lęgowe łabędzia niemego Kozi Rynek leśny 146,63 naturalne drzewostany grądowe i łęgowe Kukle krajobrazowy 313,54 starodrzewy świerkowo-sosnowe, siedliska bagienne i zbiorowiska nieleśne w dolinie Marychy oraz jeziora dystroficzne z borami bagiennymi Kuriańskie Bagno leśny 1713,62 obszar o unikatowej geomorfologii oraz naturalne zbiorowiska leśne Łempis leśny 132,21 ekosystemy leśne, wodne i torfowiskowe z