Za udział w tej organizacji w 1867 został zesłany do Kiereńska w guberni penzeńskiej, gdzie poświęcił się badaniu plemienia MordwinówWiesław Bieńkowski, Aleksander Walerian Jabłonowski, w: Polski Słownik Biograficzny, t. X, 1962-1964, s. 214.. W 1868 na mocy amnestii uzyskał zezwolenie na stałe osiedlenie się w Warszawie, gdzie oddał się pracy naukowej jako współwydawca (z Pawińskim) Źródeł dziejowych oraz współpracownik wielu pism, przede wszystkim Ateneum. W 1870 wyruszył w podróż do dzisiejszego Iraku, Iranu i Syrii, gdzie spotkał się ze swym bratem Władysławem i odbył z nim kilka wypraw krajoznawczych.
W latach 1879–1892 zwiedził Wschód muzułmański, Cylicję, Palestynę, Syrię, Kurdystan, Indie, Egipt, Bałkany, Krym i Zadnieprze. Zwiedził ruiny Niniwy koło Mosulu, a także Babilon i Karbalę. Wrażenia z podróży zawarł m.in. w studiach Ustęp z pamiętnika podróży po muzułmańskim Wschodzie odbytej w 1870 r. oraz Wschód muzułmański. Pod koniec życia, nie mogąc już podróżować ze względu na zdrowie, powrócił do Warszawy, gdzie kontynuował pracę publicystyczno-naukową oraz organizował życie naukowe.
Członek korporacji akademickiej Konwent Polonia i Towarzystwa Historycznego we LwowieFryderyk Papée, Towarzystwo historyczne 1886-1900, w: Kwartalnik Historyczny, rocznik LI, zeszyt 1-2, Lwów 1937, s. 7..