Wielu białych separatystów wyznaje ideologię white supremacy (białej supremacji), ale inni ją odrzucają. Niektórzy uważają segregacjonistów z południa Stanów Zjednoczonych i obrońców apartheidu w Afryce Południowej za białych separatystów, jako że ci zwolennicy segregacjonizmu i apartheidu używali tego samego języka separatyzmu i zaprzeczali, że wyznają białą supremację, pomimo przeczących temu dowodów. Obie grupy wierzyły w przyrodzoną niższość nie-białych, którym przypisywano niezdolność do rządzenia sobą. Niektórzy segregacjoniści wysuwali tezę, że separacja niekoniecznie oznacza wyższość rasową i wspierali ideę „osobni, ale równi” dla segregacji edukacyjnej, którą Sąd Najwyższy Stanów Zjednoczonych odrzucił w sprawie Brown v. Board of Education.
Kevin Alfred Strom, w programie radiowym American Dissident Voices emitowanym przez ugrupowanie białych separatystów National Alliance, w taki sposób zdefiniował różnicę między separatyzmem i supremacją: