Kult Matki Bożej, charakterystyczny dla cystersów, stał się przyczyną rozpowszechnienia go najpierw w Ludźmierzu, gdzie jego symbolem stała się figurka Matki Boskiej Ludźmierskiej, a następnie w Szczyrzycu, w obrazie Matki Boskiej Szczyrzyckiej. Cystersi ludźmiersko-szczyrzyccy założyli Nowy Targ, zbudowali obronny zamek w Szaflarach, zamienili dzikie tereny w uprawne pola, uregulowali biegi rzek, budowali mosty, młyny i browary, zakładali sady owocowe i pasieki, a ponadto kształcili młodzież w rzemiośle, zwłaszcza związanym z rolnictwem.
W okresie zaborów cystersi ze Szczyrzyca utracili ziemię, zakazane było przyjmowanie do nowicjatu, ale pozwolono im założyć elementarną czteroklasową szkołę dla dzieci wiejskich. Jej wychowankiem był m.in. Władysław Orkan.
Podczas okupacji niemieckiej w opactwie znalazło schronienie wielu uchodźców z różnych zakątków Polski. Prowadzono w nim tajne nauczanie, którego kontynuacją od 1945 r. było Prywatne Gimnazjum OO. Cystersów w Szczyrzycu, zamknięte przez władze w 1955 r.
Po przemianach ustrojowych w Polsce cystersi odkupili część ziemi, zamierzając kontynuować tradycje agrarne zakonu.