Włączany bywa do rodziny iguanodontów
Badania kości łonowej ornitopodów zaowocowałym następującym kladogramem opublikowanym przez Carpentera i Courriera (zmodyfikowano):
Analiza z użyciem kości biodrowej doprowadziła jednak do innego rezultatu (zmodyfikowano):
Badania na podstawie kości kulszowej doprowadziły do opracowania jeszcze innego drzewa, opublikowanego razem z dwoma poprzednimi (zmodyfikowano):
Z analizy kladystycznej McDonalda, Barretta i Chapman (2010) wynika bliskie pokrewieństwo Muttaburrasaurus z rodzajami Rhabdodon i Zalmoxes, razem z którymi miał tworzyć rodzinę Rhabdodontidae:
Nazwa rodzajowa Muttaburrasaurus wskazuje na miejsce znalezienia, miasto Muttaburra. Epitet gatunkowy honoruje odkrywcę.
Odkrycie lewo|mały|Czaszka holotypu QMF6140 Szczątki tego australijskiego dinozaura ptasiomiednicznego znalazł po raz pierwszy hodowca bydła Doug Langdon w 1963 w środkowym Queensland, w okolicy miasta Muttaburra nad rzeką Thomson. Znajduje się tam morska formacja Mackunda. Tam, pośród pozostałości mięczaków, dokładniej małży, ślimaków i amonitów, spoczywał w powstałych na dnie płytkiego morza osadach niekompletny szkielet uznany później za holotyp. Obejmuje on około 60% kości zwierzęcia, które po śmierci najprawdopodobniej zostało zniesione do morza, gdzie zatonęło i uległo fosylizacji.