W 1814 Andrew Moorze wyruszył wraz z synem do miejscowości Jordan, do której nigdy nie dotarł. Jego kości zostały znalezione dwie mile od jego chaty. Osada Jordana znana również jako Fort Jordan znajdowała się na południowy wschód od nowoczesnego miasta Thompsonville, leżącego 20 mil od chaty Moore'a. Historia ta miała miejsce w czasie wojny brytyjsko amerykańskiej w 1812 roku, kiedy to plemiona indiańskie połączyły się przymierzem z Brytyjczykami
W 1816 roku osadnicy Carter Wilkey, Daniel Crenshaw i Robert Cook osiedlili się na prerii Moore'a. Daniel Crenshaw zamieszkał w chacie pierwszego osadnika i ta osada była pierwsza trwałą osadą na ziemiach hrabstwa Jefferson.
Hrabstwo Jefferson zostało założone w 1819 roku z terytorium trzech hrabstw White, Edwards i Franklin. Swoją nazwę obrało na cześć Thomasa Jeffersona, prezydenta Stanów Zjednoczonych w latach 1801–1809.
Demografia Według spisu z 2000 roku hrabstwo zamieszkuje 40 045 osób, które tworzą 15 374 gospodarstw domowych oraz 10 561 rodzin. Gęstość zaludnienia wynosi 27 osób/km². Na terenie hrabstwa jest 16 994 budynków mieszkalnych o częstości występowania wynoszącej 11 budynków/km².