26 września 1687, po kilku dniach intensywnego ostrzału, precyzyjnie wycelowany, kolejny z wielu pocisków Wenecjan przebija wreszcie gruby strop tureckiego magazynu amunicji urządzonego w Partenonie na Akropolu, niszcząc ten obiekt. W 1834 król Grecji, Otton Bawarski przeniósł stolicę z Nafplionu do liczących wtedy około 6 tysięcy mieszkańców Aten, rozpoczęła się budowa Pałacu Królewskiego (w okolicy placu Syntagma, dziś budynek parlamentu). Budowę ukończono w 1838. W 1896 miały miejsce pierwsze igrzyska olimpijskie ery nowożytnej. W 1935 roku wybudowano synagogę Beit Szalom, największą bożnicę w mieście.
Od 1941 do 1944 miasto znajdowało się pod okupacją niemiecką. 12 października 1944 do Aten wkroczyły oddziały brytyjskieAteny od środka Elisabeth Boleman-Herring, Wydawnictwo RM 2003, .. Od 3 grudnia 1944 do 12 stycznia 1945, z przerwami na negocjacje i święta Bożego Narodzenia, trwały w Atenach walkiWydarzenia te opisuje hasło Wojna domowa w Grecji, temat „Dekemvriana”. pomiędzy oddziałami brytyjskimi, siłami królewskimi i byłymi formacjami hitlerowskimi z jednej strony a zgrupowaniem greckich, lewicowych, republikańskich partyzantów ELAS i greckimi komunistami z drugiej strony. W trakcie tych starć brytyjskie lotnictwo wojskowe i marynarka wojenna bombardowały Ateny i Pireus, interweniowały też brytyjskie czołgi.