W początkach XIX wieku kościół był poważnie uszkodzony. Jego restaurację podjęto w latach 1817–1838Luboński podaje jako datę rozpoczęcia prac 1837. Wieżę miano remontować od 1838, podwyższając ją przy tym o 12 łokci. Wstawiono nowy główny ołtarz, zaś stary przeniesiono do kaplicy Pana Jezusa. Około 1839 miano odmalować wnętrze kościoła, zmienić ławy, odnowić kaplicę różańcową. Zakupiono też obraz Matki Boskiej Różańcowej pędzla Hipolita Pinko: podwyższono ściany nawy, która została nakryta stropem drewnianym, założono nowy dach na sygnaturkę, podwyższono wieżę i otynkowano elewację. W wyniku tych zmian fasada zachodnia otrzymała wystrój neogotycki. W latach 1837–1840 odnowiono malowidła na sklepieniu w prezbiterium. Po tych zmianach kościół został rekonsekrowany w 1844Luboński nie wspomina o rekonsekracji.
W latach 1881–1889 odrestaurowano i podwyższono o piątą kondygnację wieżę kościoła. W 1888 restaurowano kaplicę Kochanowskich i odnowiono ogrodzenie od ulicy Rwańskiej, będące darem cara Aleksandra I. W latach 1908–1909, staraniem ks. inf. Piotra Górskiego, została fara gruntownie przebudowana według projektu architekta Józefa Dziekońskiego. Kościół w wyniku tych wielokrotnych zmian jest neogotycki, orientowany, jednonawowy z dobudowaną nawą boczną.