Eleonora Magdalena Gonzaga (ur. 18 listopada 1630 w Mantui, zm. 6 grudnia 1686 w Wiedniu) – cesarzowa, królowa Czech i Węgier, córka księcia Mantui Karola II Gonzagi i Marii, córki księcia Franciszka IV z Mantui.
30 kwietnia 1651 w Wiedniu poślubiła cesarza Ferdynanda III Habsburga (13 lipca 1608 – 2 kwietnia 1657), syna cesarza Ferdynanda II i Marii Anny Wittelsbach, córki księcia Bawarii Wilhelma V. Ferdynand i Eleonora mieli razem syna i trzy córki: Teresa Maria Józefa (27 marca 1652 – 26 lipca 1653) Eleonora Maria Józefa (31 maja 1653 – 17 grudnia 1697), żona króla polskiego i wielkiego księcia litewskiego Michała Korybuta Wiśniowieckiego i księcia Lotaryngii Karola V Leopolda Maria Anna Józefa (30 grudnia 1654 – 14 kwietnia 1689), żona Jana Wilhelma, elektora Palatynatu Reńskiego Ferdynand Józef Alojzy (11 lutego 1657 – 16 czerwca 1658)