W 2005 roku został zrealizowany projekt SEBTrans-Link, służący m.in. przygotowaniu koncepcji rewitalizacji Dworca Morskiego, według której budynek ma odzyskać oryginalną architekturę. Zawijające do Gdyni statki wycieczkowce wykorzystują obecnie Nabrzeża Holenderskie oraz Francuskie (zlokalizowane po obu stronach Dworca Morskiego) jako miejsce postoju w porcie (mniejsze statki wycieczkowe zawijają przy Molu Południowym).
Od 3 czerwca 2009 w budynku znajdowało się biuro Check-in serwisu promowego do Helsinek oraz Travemünde armatora Finnlines.
W maju 2013 rozpoczęto remont (koszt: 43,9 mln zł), który przywrócił oryginalny kształt bryle budynku i umożliwił adaptację pod potrzeby powstającego Muzeum Emigracji, w którym prezentowane będą losy i doświadczenia polskich emigrantów, zarówno z końca XVIII, jak i początku XXI wieku. Na wystawie znajdzie się m.in. makieta transatlantyku „Batory”. Dzięki remontowi muzeum uzyskało 2,9 tys. metrów powierzchni wystawienniczej. Dzięki remontowi zmianie uległa elewacja od strony wody – pierwotną murowaną ścianę zastąpiła szklana tafla. Wzniesiono także stalową konstrukcję oryginalnego punktu widokowego – przeszklonego tunelu wychodzącego z Magazynu Tranzytowego.