W 1995 miasto przekazano Palestyńczykom. W 2002 roku Bazylika Narodzenia Pańskiego była zajmowana przez kilkudziesięcioosobową grupę bojowników palestyńskich, którzy schronili się tam w czasie akcji policyjnej wojsk izraelskich – po 5-tygodniowym oblężeniu zawarto porozumienie, na mocy którego część bojowników została odesłana do Gazy, a kilkunastu deportowano do krajów europejskich. Po uwolnieniu kościoła znaleziono w nim kilkadziesiąt założonych ładunków wybuchowych. Betlejem znajduje się od tej pory pod zaostrzoną kontrolą – blokada dróg i okresowe wprowadzanie godziny policyjnej.
W 2012 roku odkryto bullę z okresu Pierwszej Świątyni (1006–586 p.n.e.), na której wymieniona jest nazwa Betlejem.
Zabytki i atrakcje thumb|left|Bazylika Narodzenia Pańskiego, srebrna gwiazda wskazuje miejsce, w którym narodził się Chrystus. Jest tam napis o treści . Bazylika Narodzenia Pańskiego, Kościół św. Katarzyny Aleksandryjskiej, Grota Mleczna, okoliczne klasztory (Artas) i kościoły, Pole Pasterzy (Bajt Sahur), Studnia Dawida, Grób Racheli, Hotel Walled-Off z muzeum.