Na czele Kolejowych Wojsk Ustaszy stali: mjr Vilko Pečnikar (do 27 sierpnia 1942 r.), ppłk Ivo Herenčić (prawdopodobnie do grudnia 1942 r.), mjr Brulich.
Wojska Ochronne Ustaszy W ramach Sił Zbrojnych Ustaszy istniały wojska ochronne (obrabena lub obrana). Rozwijały się one od niewielkich oddziałów w październiku 1941 r. do jednostek w sile dywizji w 1944 r. Przez większość okresu istnienia NDH istniały dwie brygady ochronne ustaszy (I Brygada Ochronna Ustaszy), podległe Urzędowi Bezpieczeństwa Ustaszy (Ustaška Nadzorna Služba), która była odpowiednikiem hitlerowskiego Gestapo/SD. Ich zadaniem było przede wszystkim zapewnienie ochrony w chorwackich obozach koncentracyjnych. Ponadto zabezpieczały one obszar Jasenovac-Novska przed infiltracją ze strony komunistycznych partyzantów, przeprowadzając rajdy przeciwko wrogim wioskom i zwalczając partyzanckie oddziały. Pod koniec wojny pełniły już rolę zwykłych jednostek piechoty. Na ich czele przez cały okres istnienia NDH stał płk Vjekoslav Luburić.