Wyspy Kerguelena (, dawniej îles de la Désolation) – archipelag obejmujący około 300 skalistych wysp pochodzenia wulkanicznego, położony w południowej części Oceanu Indyjskiego, ponad 5300 km na południowy wschód od Afryki. Wyspy Kerguelena wraz z wyspami Amsterdam (Île Amsterdam), Wyspą Świętego Pawła (Île Saint-Paul), Wyspami Crozeta (Îles Crozet) i Ziemią Adeli (Terre Adélie) należą do Francji i wchodzą w skład Francuskich Terytoriów Południowych i Antarktycznych (roszczenia Francji wobec Ziemi Adeli nie są uznawane przez niektóre państwa). Ich łączna powierzchnia wynosi 7215 km², z tego największa Wyspa Kerguelena (fr. Grande Terre) ma 6675 km². Otacza ją ponad 300 znacznie mniejszych wysp. Wyspy Kerguelena nie są stale zamieszkane. Okresowo przebywali tu niegdyś łowcy fok i wielorybnicy, obecnie pracują tu tylko naukowcy. Najważniejszymi ośrodkami turystyczno-badawczymi są Port-aux-Français i Port Jeanne d'Arc, założony w 1908 przez Norwegów.