Wycofanie się z polityki Zmiana polityczna nie spełniła jego oczekiwań. Rozczarowany tym, że wielu patriotów kierowało się bardziej własną korzyścią, niż dobrem ojczyzny, wycofał się z aktywnych działań politycznych. W 1796 przyjął nominację na baliwa w , a następnie na stanowisko sekretarza . Przez kolejnych dziewięć lat mieszkał w swojej posiadłości Middenhoeve niedaleko Amstelveen. w 1805 został odwołany ze stanowiska po konflikcie z wielkim pensjonariuszem . W tym samym roku wznowił praktykę adwokacką w Lejdzie.
Rodzina Van der Aa miał siedmioro dzieci. Z pierwsza żoną, Franciną Adrianą Barthą van Peene, miał troje dzieci, z drugiego małżeństwa z Antoinette Catharine Simon Thomas, czworo. Najstarszy syn (1791-1851) był prawnikiem i pisarzem. Drugi z kolei syn (1792-1857) był leksykografem, autorem Słownika geograficznego Holandii. Charles Ménard Adelaide Simon van der Aa (1810-1855) był prawnikiem.