14 kwietnia 1937 nastąpiła u niej nagła poprawa stanu zdrowia, co zostało uznane za cudowne uzdrowienie, jednak poprawa trwała tylko miesiąc. Faustyna odbyła kurację w uzdrowisku Rabka-Zdrój. Ze względu na komplikacje zdrowotne przestała zajmować się ogrodem. Pełniła obowiązki furtianki.
Zmarła 5 października 1938 o godzinie 22:45 w klasztorze w Krakowie-Łagiewnikach, do ostatniej chwili zachowując świadomość. Przy jej śmierci obecne były s. Amelia Socha i s. Eufemia Traczyńska. 7 października 1938 odbył się pogrzeb Faustyny. Mszę świętą odprawili ks. Władysław Wojtoń SJ oraz ks. Tadeusz Chabrowski SJ. Na uroczystości nie był obecny nikt z rodziny, gdyż zmarła nie chciała narażać ich na koszty podróży. Została pochowana w grobowcu na cmentarzu zakonnym w Łagiewnikach.
25 listopada 1966 jej szczątki przeniesiono do kaplicy klasztornej. W 1968 kaplica ze względu na grób Sługi Bożej została wpisana na listę sanktuariów archidiecezji krakowskiej. Do beatyfikacji relikwie spoczywały w naturalnych rozmiarów trumnie. Obecnie znajdują się w sarkofagu na ołtarzu, pod słynącym łaskami obrazem Jezu ufam Tobie, namalowanym przez Adolfa Hyłę. Relikwiarz został odsłonięty w dzień beatyfikacji zakonnicy, 18 kwietnia 1993.
Dzienniczek
mały|Eugeniusz Kazimirowski, Jezu ufam Tobie, 1934