Od dnia 1 stycznia 1986 roku zakład posiada status przedsiębiorstwa przemysłu obronnego. Dla potrzeb Marynarki Wojennej i Straży Granicznej przedsiębiorstwo dokonało licznych remontów jednostek pływających również dla WMF SSSR.
W 1976 roku Gdyńska Stocznia Remontowa została odznaczona Orderem Sztandaru Pracy I. klasyDziennik Polski, r. XXXII, nr 165 (10040), s. 1..
Od 2014 r. Nauta wchodzi w skład Polskiej Grupy Zbrojeniowej SA. Rozszerzenie działalności spowodowało wzrost przychodów (z poziomu 100 mln zł do ponad 400 mln w latach 2014-15), lecz inwestycje i brak doświadczenia na rynku nowych budów spowodowały znaczące straty, a zawierane kontrakty okazywały się nierentowne. Z opóźnieniem pięcioletnim ukończono w 2020 roku statek badawczy „Skagerak” dla Uniwersytetu w Göteborgu, który sprawiał problemy techniczne. Stocznia Nauta nie była już w stanie ukończyć okrętu rozpoznawczego „Artemis” projektu B-104 budowanego dla Szwedzkiej Marynarki Wojennej (podwykonawcą kadłuba była Stocznia Wojenna), który został oddany w stanie nieukończonym w lutym 2021 roku. W 2015 stocznia poniosła ponad 4 mln zł strat, w 2017 prawie 14 mln.