Minister Zenón de Somodevilla y Bengoechea, markiz Ensenada rozkazał Juanowi udać się do Anglii, by w tajemnicy zbadać metody konstrukcji okrętów w brytyjskich stoczniach. W latach 1748–1751 był szpiegiem przemysłowym w Wielkiej Brytanii. W roku 1749 podróżował incognito jako Mr. Josues, nauczył się, ile tylko mógł, i przywiózł kilku brytyjskich konstruktorów (Matthew Mullan i Richard Rooth). W 1750 roku, po przybiciu do Hiszpanii, zaczęli oni konstruować okręty nowego typu. Zbudowane przez nich jednostki walczyły potem pod Trafalgarem.
W roku 1757 założył Observatorio Astronómico Nacional de España.
W latach 1766–1767 Jorge Juan y Santacilia był pierwszym ambasadorem Hiszpanii w Maroku.
Juan zmarł w Madrycie w roku 1773 w wieku lat 60. Został pochowany w kościele San Martín.
Wybrane dzieła thumb|Observaciones astronomicas y phisicas, 1748
Compendio de navegación (1757) Examen marítimo teórico-práctico (1771) Estado de la astronomía en Europa (1774)