Flamel zmarł 22 marca 1416 roku. Zachował się jego testament. Prawdopodobnie większość majątku pochodziła z pracy zawodowej pisarza sądowego i mąjątku żony. Po śmierci żony w 1397 odziedziczył po niej 5300 liwrów. Do spadku zgłaszała pretensje rodzina jego żony, toczyły się w tej sprawie długie procesy sądowe, dzięki którym zachowała się dokumentacja na temat majątku żony Flamela.
Prawie 200 lat po śmierci Flamela, w 1612 roku opublikowano traktat „Livre des figures hiéroglyphiques”, który mu przypisano. Nie zachował się żaden manuskrypt o takim tytule, którego autorem byłby Flamel. Brak jest również informacji o istnieniu takiego pisma przed publikacją książki z 1612 roku. Traktat cytuje źródła, które pojawiły się po śmierci Flamela. Legenda oparta na tym traktacie głosi, że Flamel jako pierwszy stworzył kamień filozoficzny – substancję zmieniającą m.in. metal w czyste złoto oraz główny składnik eliksiru długowieczności. Według legendy jego żona, Perenelle, przez 20 lat pomagała Flamelowi w odczytaniu manuskryptu alchemicznego, jednak wysiłki te nie zostały zwieńczone sukcesem. Antoine Lavoisier, osiemnastowieczny chemik francuski, obalił metodami naukowymi trwające kilkaset lat przekonanie, że można metodami chemicznymi przemienić jeden pierwiastek w inny (obecnie wiemy, że taki proces jest możliwy w przemianach jądrowych).