Po proklamacji republiki w 1889 roku, Euclides da Cunha wrócił do Rio de Janeiro i ponownie wstąpił do wojska. Uczył się w wyższej szkole wojskowej Escola Superior de Guerra na kierunkach artyleria i inżynieria wojskowa. Zdobył licencjat w dziedzinie matematyki i nauk przyrodniczych. W tym czasie ożenił się z Aną Sólon Ribeiro, a następnie zaczął uczyć w szkole wojskowej. W 1893 roku przeniósł się do São Paulo, gdzie rozpoczął pracę w administracji Centralnych Kolei Brazylijskich. Pracował w wydziale wojskowym tej instytucji w czasie rewolucji zwanej Revolta da Armada, której celem było obalenie rządu Floriano Peixoto. Euclides pozostał wierny Peixoto, nie przeszkodziło mu to jednak skrytykować rządu w Gazeta de Notícias za złe traktowanie więźniów politycznych. Występował również przeciwko karze śmierci. W 1896 roku ostatecznie odszedł z wojska. Karierę zakończył na stanowisku porucznika.