W 1324 miasto zostało ponownie włączone do Brandenburgii. W latach 1373–1415 wraz z Marchią Brandenburską we władaniu Królestwa Czech. W 1432 roku miasto najechali husyci. W XVII wieku miasto ucierpiało z powodu epidemii oraz wojny trzydziestoletniej. Od 1699 w mieście osiedlali się francuscy hugenoci. Już w 1701 Francuzi byli reprezentowani we władzach miejskich. Wkrótce później powstał kościół francuski. Francuska kolonia w mieście utrzymała się do czasów napoleońskich.
Od 1871 w granicach zjednoczonych Niemiec. W trakcie II wojny światowej zniszczenia miasta sięgnęły 85%. W 1945 roku wraz z położoną na zachód od Odry częścią ziemi lubuskiej Müncheberg znalazł się w radzieckiej strefie okupacyjnej Niemiec (wschodnia część po 696 latach powróciła w granice Polski). W 1949 Müncheberg został częścią NRD. Od 1990 w granicach Republiki Federalnej Niemiec. W latach 1992–1997 odbudowano zniszczony w trakcie II wojny światowej gotycki kościół Mariacki. W 2002 do miasta przyłączono szereg pomniejszych miejscowości w tym Trebnitz (pol.