Teledysk Nirvana nakręciła pierwszą wersję teledysku dla „In Bloom” w 1990 na potrzeby kompilacji wideo Sub Pop Video Network Program (1991). Przedstawiał on proces nagrywania piosenki w Smart Studios. Widać w nim również członków zespołu spacerujących po dolnym Manhattanie – na filmie umieszczone są takie obiekty jak South Street Seaport, Lower East Side i Wall Street. W trakcie nagrywania filmu Novoselic ogolił głowę na znak pokuty za słaby koncert, jaki Nirvana zagrała w Nowym Jorku. Incydent ten spowodował niekonsekwencję w teledysku – końcowe ujęcia pokazują basistę dwukrotnie – raz z włosami, raz z ogoloną głową. Wideo pojawiło się na kompilacji niewydanych wcześniej utworów Nirvany, With the Lights Out (2004).

Druga wersja teledysku, stworzona w celu promowania wydanego w 1992 singla, została wyreżyserowana przez Kevina Kerslake’a, który wcześniej zrealizował widea do utworów „Come as You Are” i „Lithium”. Pierwotnym pomysłem Cobaina na teledysk była historia dziewczynki urodzonej w środowisku Ku Klux Klanu, która pewnego dnia zdaje sobie sprawę, jak okrutni są członkowie tej organizacji. Koncepcja wokalisty okazała się zbyt ambitna, więc Cobain postanowił zamiast tego sparodiować występy zespołów w programach telewizyjnych z początku lat 60., np. The Ed Sullivan Show.