Dzieciństwo thumb|200px|Kamienica przy Choorstraat 51 w Delfcie, w której mieszkał Van Meegeren podczas studiów w latach 1907–1912 thumb|200px|Dom w Rijswijk, w którym w 1913 roku malarz zamieszkał z żoną Anną Han van Meegeren urodził się w katolickiej rodzinie jako trzecie z pięciorga dzieci. Był synem Hendrikusa Johannesa van Meegerena, nauczyciela i autora podręczników, oraz Augusty Louisy Henrietty Camps, o 15 lat młodszej od swojego męża. Han od dzieciństwa odczuwał zamiłowanie do sztuki i przejawiał talenty plastyczne, co było bardzo surowo zwalczane przez jego ojca, który miał w zwyczaju niszczyć prace syna.
Duży wpływ na młodego Van Meegerena wywarł jego nauczyciel z liceum, malarz Bartus Korteling (1853–1930). To on wpoił Van Meegerenowi przekonanie o wyższości sztuki holenderskiej XVII wieku nad współczesną – impresjonizmem i postimpresjonizmem.
W 1907 Han van Meegeren wstąpił na Uniwersytet Techniczny w Delfcie, rodzinnym mieście Vermeera, by studiować architekturę. Wybór kierunku studiów stanowił ustępstwo Hana wobec woli ojca, niechętnie patrzącego na pasje syna, a jednocześnie pozostawał w związku z zainteresowaniami plastycznymi Van Meegerena-juniora.