thumb|Ilustracja polimorfizmu pojedynczego nukleotydu Polimorfizm pojedynczego nukleotydu (SNP, z ) – zjawisko zmienności sekwencji DNA, która polega na zmianie pojedynczego nukleotydu (A, T, C lub G) pomiędzy osobnikami danego gatunku lub pomiędzy sekwencjami chromosomów homologicznych danego osobnika. Aby zmianę taką określać jako SNP, a nie mutację, musi ona występować u co najmniej 1% populacji.
Przykładowo polimorfizm pojedynczego nukleotydu w danym genie u dwóch osobników, np. AAGCCTA i AAGCTTA, prowadzi do występowania 2 alleli tego genu, różniących się jednym nukleotydem.
SNP stanowią ok. 90% całej zmienności występującej w ludzkim genomie i występują co 100–300 nukleotydów na ogólną ich liczbę 3 mld.
W badaniach populacyjnych można ustalić względną częstość występowania danego wariantu związanego z SNP. Należy stwierdzić, że występują różnice w występowaniu SNP pomiędzy różnymi geograficznie lub etnicznie populacjami (np. w genie SLC24A5 i kolorze skóry).