Wraz z zespołem, odbyła ich pożegnalną trasę koncertową, która promowała także zarazem album Machina.
Współpraca z innymi muzykami Auf der Maur krótko koncertowała wraz z byłym wokalistą zespołu The Cars, Rickiem Ocaskiem, w 1997, zaraz po nagraniach, które z nim dokonała na jego solowym albumie z 1997 noszącym tytuł Troublizing.
Następnie Melissa bardziej zaangażowała się we współpracę z francuskim zespołem Indochine. Efekt tej współpracy słychać w utworze „Le Grand Secret”, w którym śpiewa po francusku w duecie z wokalistą zespołu Nicola Sirkisem, a który odniósł wielki sukces we Francji. Przy różnych okazjach Melissa dołączała do zespołu na koncertach, aby wykonać na scenie ten utwór oraz pojawiła się w teledysku do niego. 22 lutego 2002 roku podczas koncertu w Paryżu wystąpiła na koncercie Indochine wraz z krótkim zestawem akustycznych wersji swoich solowych utworówShort review of an Indochine show.
Dla przyjaciela z dzieciństwa Rufusa Wainwrighta nagrała partie gitary basowej oraz chórki na albumach Scar oraz Poses, oraz wystąpiła w jego teledysku z 1998 roku o tytule „April Fools”.