Podstawowym zadaniem UKIE było zapewnienie realizacji zadań Komitetu Integracji Europejskiej, związanych z programowaniem i koordynowaniem polityki w sprawach związanych z integracją Polski z Unią Europejską, programowaniem i koordynowaniem działań dostosowawczych Polski do standardów europejskich oraz koordynowaniem działań administracji państwowej w zakresie otrzymywanej pomocy zagranicznej.
W styczniu 1997 roku przyjęto Narodową Strategię Integracji (NSI), a Sejm przegłosował ją w maju 1997 roku. Formułowała ona konkretne zadania stojące na drodze do pełnego członkostwa w UE oraz sekwencję czasową ich realizacji. Znaczenie NSI polegało przede wszystkim na przyspieszeniu i ukierunkowaniu prac instytucji rządowych i pomoc w podniesieniu w społeczeństwie świadomości możliwych konsekwencji członkostwa Polski w UE. Działania dostosowawcze do członkostwa realizowane były w ramach opracowanego przez rząd i przyjętego 23 czerwca 1998 roku Narodowego Programu Przygotowania do Członkostwa w UE (NPPC). NPPC był corocznie (do 2001 roku włącznie) modyfikowany celem uaktualnienia strategii negocjacyjnych. Określał on sposoby realizacji priorytetów zawartych w dokumencie wspólnotowym Partnerstwo dla członkostwa.