Mechanizm negocjacji polegał na wypracowaniu wspólnego stanowiska Przewodniczącego PZN i Komisarza UE ds. Rozszerzenia Unii i przekazanie go do akceptacji Komisji Europejskiej, która przygotowywała projekt zweryfikowanego stanowiska wspólnego UE. Projekt po przyjęciu przez Radę Europejską stanowił wspólne stanowisko wszystkich 15 krajów członkowskich. Celem negocjacji było przygotowanie traktatu akcesyjnego, który był przyjęty na ostatnim spotkaniu Międzyrządowej Konferencji Akcesyjnej.
W październiku 1990 roku podjęto decyzję o połączeniu stolic państw stowarzyszonych z Sekretariatem Rady UE za pomocą specjalnie przygotowanej sieci łączności elektronicznej. Do 2000 roku Polska zdążyła zakończyć rozmowy w 25 spośród 30 obszarów negocjacyjnych. W przypadku 9 z nich uzgodniono okresy przejściowe. Pozostałe 5 obszarów rozpatrywano w latach 2001–2002. Finał negocjacji Polski z UE nastąpił 13 grudnia 2002 roku podczas szczytu UE w Kopenhadze.