Okres po II wojnie światowej Po II wojnie światowej pojawił się tu marmurowy pomnik z urną wypełnioną prochami profesorów i uczniów zamojskich szkół średnich, jakich pozbawiono życia w czasie tej wojny. Ponadto znajdują się tu relikwie św. Andrzeja Boboli, a od niedawna relikwie św. Pio z Pietrelciny sprowadzone z Włoch. W roku 1939 w podziemiach kościoła przetrzymywano obraz Jana Matejki Hołd Pruski, który był wówczas poszukiwany przez Niemców. Obraz po niecałych trzech miesiącach trafił z powrotem do Krakowa.
Pod koniec lat 90. minionego stulecia przywrócono pierwotny wygląd zewnętrzny kościoła, zwłaszcza dach i szczyty od frontu, pośrodku i przy tylnej ścianie; wzbogacono również elewacje. Później przeprowadzono także prace remontowe wewnątrz świątyni. Po zachodniej stronie, w miejscu dawnego klasztoru, planowana jest budowa „Domu Trzeciego Tysiąclecia im. Kardynała Stefana Wyszyńskiego”.