Po wspieraniu desantu w zatoce Leyte w listopadzie 1944 roku okręt w grudniu wziął udział w akcji ratunkowej związanej z zatonięciem podczas tajfunu Cobra trzech amerykańskich niszczycieli.
W styczniu 1945 roku działając w rejonie Tajwanu i Sajgonu samoloty pokładowe z „Yorktowna” zatopiły 44 japońskie jednostki pływające. W marcu 1945 roku jego samoloty pokładowe atakowały cele na terenie wysp japońskich. Podczas tych misji okręt był wielokrotnie atakowany przez lotnictwo japońskie, a jeden z takich ataków zakończył się 18 marca 1945 roku śmiercią 5 członków załogi. W kwietniu 1945 roku jego samoloty wspierały desant na Okinawę. Podczas tej operacji 7 kwietnia 1945 roku samoloty pokładowe „Yorktowna” odparły atak japońskiej grupy bojowej, w wyniku którego trafiły m.in. wielokrotnie pancernik „Yamato”.
Po wojnie okręt został 9 stycznia 1947 roku wycofany ze służby i skierowany do rezerwy. W związku z napiętą sytuacją międzynarodową okręt ponownie wszedł do służby 20 lutego 1953 roku. W marcu 1955 roku okręt poddano gruntownej przebudowie obejmującej m.in. pokład startowy i nadbudówkę, tak aby przystosować go obsługiwania samolotów z napędem odrzutowym.