Problemem jest ustalenie, czy Betsaida leżała na terenie Galilei, czy też na wschód od jej granicy. Część naukowców uważała, że w starożytności Galilea rozciągała się także na tereny położone na wschód od ujścia Jordanu do jeziora. Inna teoria zakłada, że być może istniały dwie Betsaidy: jedna na terenie Galilei, a druga na wschód od Jordanu. Dlatego słowa Autora Ewangelii Jana używającego określenia „Betsaida Galilejska” mogły być prawdziwe; Brak precyzji w oznaczaniu lokalizacji Betsaidy przez Ewangelistów mógł też wynikać z faktu, że nie byli biegli w geografii. Ewangelia Jana była prawdopodobnie pisana daleko od Galilei, a określenie „Galilea” było ogólną ramą geograficzną, a nie ścisłym określeniem geograficznym.
Źródła żydowskie i rzymskie na temat lokalizacji Betsaidy Żydowski uczony Samuel Klein uważał, że wspominana w źródłach rabinicznych miejscowość o nazwie „Saydan”, jest alternatywną formą starożytnej nazwy Betsaidy (z pominięciem przedrostka „beth” i dodaniem końcowego „n”). Bargil Pixner zwraca uwagę, że w greckim tekście Ewangelii Marka (Mk 6,45 i Mk 8,22) miejscowość faktycznie nazywana jest „Betsaidan”. Przemysław Nowogórski neguje ten argument, zwracając uwagę, że badając całość wyrażenia (pros Bethsaidan) należy odnotować, iż zaimek „pros” – w znaczeniu „naprzeciw” wymagał użycia biernika.