ZabiPort lotniczy Abu ZabiDubajPort Lotniczy Dubaj

Połączenia Codeshare Aegean Airlines posiada umowy codeshare z następującymi liniami: airBaltic Animawings Austrian Air Canada Air Serbia Brussels Airlines Bulgaria Air Discover Airlines Egyptair Emirates Ethiopian Eurowings Gulf Air Kuwait Airways Juneyao Air LOT Lufthansa Saudia Singapore Airlines TAP Portugal Turkish Airlines Volotea

Flota Według stanu na kwiecień 2026 flota Aegean Airlines składała się z 68 samolotów o średnim wieku 8,2 lat: SamolotLiczba miejscUwagiModelAktywneZamówioneBEŁącznieAirbus A320-20024 ––174174Airbus A320neo211–180180Elastyczna konfiguracja miejsc klas B i E W trakcie dostarczania, do końca 2028Airbus A321-2003 ––206206Airbus A321neo203–220220Elastyczna konfiguracja miejsc klas B i E W trakcie dostarczania, do końca 2028Airbus A321 XLR –224114 138Planowane dostarczenie do końca 2027Łącznie686

Wypadki lotnicze 7 marca 2010, lot Aegean Airlines 511, który obsługiwał Airbus A320-232 musiał zawrócić i awaryjnie lądować chwilę po starcie z Salonik, ze względu na awarię silnika.