Pomimo wcześniejszych planów rok 1996 zamknięto ze stratą 83,1 miliona, głównie z powodu strachu przed zamachami terrorystycznymi. Aby utrzymać loty, El Al przedstawiły pasażerom nietypową ofertę. Zaproponowano między innymi loty w rejonie Morza Śródziemnego z różnorodnymi rozrywkami na pokładzie samolotów. Proponowano także jednodniowe wyloty na zakupy do Londynu lub odwiedziny do miejsc kultu religijnego we Wschodniej Europie.
W 1997 utworzono oddzielne przedsiębiorstwo przewozów towarowych El Al Cargo.
Od 2000 W marcu 2000 El Al włączyły do swojej floty pierwszy szerokokadłubowy samolot pasażerski Boeing 777. W tym samym roku ponownie pojawiły się problemy dotyczące lotów podczas szabatu. Kierownictwo El Al poinformowało, że traci rocznie 55 milionów dolarów z powodu nielatania w sobotę. Wywołało to falę krytyki i publiczną dyskusję w Izraelu. W czerwcu 2003 rozpoczął się pierwszy etap częściowej prywatyzacji przedsiębiorstwa. 15% akcji linii lotniczej weszło na Giełdę Papierów Wartościowych w Tel Awiwie.