Blood Sugar Sex Magik, pierwszy znaczący album grupy, sprzedał się w nakładzie ponad 13 milionów egzemplarzy, co zapewniło grupie komercyjny sukces. U Frusciantego pogłębiało się uczucie dyskomfortu w związku z takim sukcesem i nagle opuścił zespół podczas trasy koncertowej promującej album w 1992 r., popadając w uzależnienie od narkotyków. Kiedis, Flea, i Smith zatrudnili na jego miejsce Dave’a Navarro z Jane’s Addiction, aby nagrać następny album zatytułowany One Hot Minute. Mimo że album odniósł umiarkowany komercyjny sukces, nie został tak życzliwie przyjęty jak Blood Sugar Sex Magik i sprzedał się w ponad dwa razy mniejszej ilości niż poprzednik. Krótko po tym Navarro opuścił zespół z powodu różnic twórczych. Frusciante, który wyszedł z nałogu narkotykowego po odbyciu kuracji odwykowej, ponownie stał się członkiem grupy na prośbę Flea. Zjednoczony kwartet powrócił do studia, aby nagrać Californication (1999), który sprzedał się na całym świecie w piętnastu milionach egzemplarzy, odnosząc największy sukces spośród wszystkich albumów grupy. Następnym albumem był wydany trzy lata później By the Way (2002), który również odniósł sukces. W 2006 r. grupa wydała podwójny album Stadium Arcadium, który jako pierwszy w historii formacji uplasował się na 1.