Usytuowany jest w strukturze Departamentu Wyznań Religijnych oraz Mniejszości Narodowych i Etnicznych Ministerstwa Spraw Wewnętrznych i Administracji.
Finansowanie Fundusz Kościelny początkowo miał być finansowany przede wszystkim z dochodów z nieruchomości przejętych przez państwo na mocy ustawy dotyczącej tzw. dóbr martwej rękiZygmunt Zieliński, Kościół w Polsce 1944-2002 POLWEN Radom 2003, s. 90. oraz uzupełniająco poprzez dotacje państwowe uchwalane przez Radę Ministrów. . Aktualnie (zgodnie z ustawami budżetowymi) Fundusz Kościelny jest finansowany z budżetu państwa.
Wydatki z budżetu państwa na Fundusz Kościelny w złotych (w nawiasie całkowite wydatki Funduszu Kościelnego): 1990 – 2 000 000 (2 110 071)Racjonalista.pl – Fundusz Kościelny. 1991 – 4 656 000 (4 459 747) 1992 – 7 800 000 (7 932 900) 1993 – 9 360 000 (9 474 400) 1994 – 11 000 000 (11 127 109) 1995 – 15 000 000 (15 122 318) 1996 – 22 100 000 (22 376 247) 1997 – 25 400 000 (25 400 000) 1998 – 28 579 000 (28 579 000) 1999 – 36 778 000 (36 778 000) 2000 – 67 834 000 (67 834 000) 2001 – 132 280 000 (132 280 000) 2002 – 75 719 000 (75 719 000) 2003 – 78 333 000 (78 333 000) (0,04% wszystkich wydatków budżetu państwa) 2004 – 78 333 000 (78 333 000) 2008 – 97 908 000Ustawa budżetowa na rok 2008, załącznik 2. 2009 – 95 929 000 2010 – 86 336 000