Przez cały sezon 2004/2005 był jednym z czołowych graczy klubu z Moguncji, zdobył 5 bramek i pomógł w utrzymaniu się beniaminka w lidze. W kolejnym sezonie spisał się równie udanie, zdobył 3 gole, zaliczył 11 asyst i znów uniknął z Mainz degradacji, po raz drugi z rzędu zajmując 11. miejsce. Z Mainz wystąpił także w rozgrywkach Pucharu UEFA dochodząc w nich do pierwszej rundy.
Latem 2006 za 1,5 miliona euro da Silva trafił do VfB Stuttgart. W barwach tej drużyny zadebiutował 12 sierpnia w przegranym 0:3 meczu z 1. FC Nürnberg. W zespole prowadzonym przez Armina Veha wywalczył miejsce w wyjściowej jedenastce i walnie przyczynił się do zdobycia przez Stuttgart mistrzostwa Niemiec oraz awansu do finału Pucharu Niemiec (porażka 2:3 z Nürnberg). Jesienią 2007 wystąpił w fazie grupowej Ligi Mistrzów, jednak nie zdołał obronić ze Stuttgartem mistrzostwa kraju.
W lipcu 2008 da Silva został piłkarzem Karlsruher SC, które zapłaciło za niego 900 tysięcy euro.
W 2009 został wypożyczony do FC Basel. W 2010 powrócił do Bundesligi podpisując z kontrakt z Borussią Dortmund.
Statystyki kariery klubowej