Miała ona w przybliżeniu te same kompetencje co kamera Prus Zachodnich w Kwidzynie. Należało do nich: ściąganie podatków, nadzór nad leśnictwem, aprowizacją, cechami i stowarzyszeniami rzemieślniczymi, komunikacja lądowa i wodna, kolonizacja, porządek policyjny itp. Od 1782 r. posiadała także własną kasę wojenną i domenalną, uniezależniając się od kasy kwidzyńskiej.
Na czele deputacji stanął jako dyrektor von Gaudi, a ponadto w jej skład wchodziło pięciu radców: von Grabowski, von Haugwitz, von Stach, Broscovius i Tschepius. Niższy personel deputacji tworzyło 10 subalternów, m.in. sekretarz, registrator i kalkulatorzy.
Deputacja bydgoska Obwodu Nadnoteckiego w pewnym zakresie była podporządkowana administracji Prus Zachodnich i Wschodnich, do czego skutecznie dążył ówczesny nadprezydent Prus Zachodnich i organizator władz administracyjnych na wcielonych ziemiach polskich von Domhardt. Zorganizował on deputację w ten sposób, że nie posiadała własnego prezydenta i podlegała nadprezydentowi Kamery Wojenno-Domenalnej w Królewcu. W razie nieobecności nadprezydenta, deputacja przechodziła natomiast pod zwierzchnictwo dyrektora Zachodnio-Pruskiej Kamery Wojenno-Domenalnej w Kwidzynie.