Końcowym etapem prac było pozłacanie nimbów i szczegółów szat. Wszystkie freski kaplicy Trójcy Świętej w Lublinie tworzą spójny program ikonograficzny, osadzony na kanonie bizantyńskim. Kompozycje są uporządkowane według hierarchii, zaczynając od najwyższych partii sklepienia, gdzie umieszczono Chrystusa w majestacie, Ducha Świętego i aniołów, po niższe strefy przedstawiające wydarzenia ziemskie. Kaplica, choć architektonicznie niezgodna z przestrzenią typową dla kościoła bizantyńskiego, zachowuje ten układ.
Dekoracja kaplicy została poddana wielu procesom konserwatorskim, z których pierwsze miały miejsce już pod koniec XIX wieku. Fragmenty fresków odkrył Józef Smoliński, a kolejne prace prowadzono na przełomie XIX i XX wieku pod kierownictwem Cesarskiej Komisji Archeologicznej z Petersburga. W XX wieku kaplica przeszła wiele etapów konserwacji, w trakcie których przywrócono część utraconych fresków, a w 1997 roku, po zakończeniu prac, ponownie udostępniono kaplicę zwiedzającym.