Podczas walk grupa napastników (trzynastu według oficjalnych informacji) przedarła się przez wojskowy kordon i schroniła w okolicy. Wśród nich były ponoć dwie kobiety, które próbowały wtopić się w tłum w przebraniu pielęgniarek. Część z nich została przepuszczona przez kordon, gdyż podawali się za krewnych zakładników. Kilku z nich schroniło się w dwupiętrowym budynku mieszkalnym w odległości 40 metrów od sali gimnastycznej. Nie wiadomo, czy mieli zakładników. Budynek został zniszczony przez czołgi i miotacze ognia 3 września o godzinie 23:00.
Siergiej Fridinski, zastępca prokuratora generalnego, oświadczył, że 31 z 32 porywaczy zostało zabitych, zaś jeden z nich został schwytany. Jeden z rannych napastników został zabity przez ojców zakładników podczas transportu do szpitala.
Według oficjalnych danych zginęły 334 osoby, w tym 156 dzieci, zaś 700 (głównie dzieci) zostało rannych. Tuż po szturmie europejscy dziennikarze sugerowali, że liczba ofiar może przekroczyć 400, jako że 176 ludzi uznano za zaginionych.