Kościelna struktura organizacyjna w Czechach jest starsza od siostrzanej struktury w Polsce. Pierwszym biskupstwem w Czechach była utworzona w roku 973 diecezja praska – odnowiona morawska struktura kościelna. Kościół czeski przeżywał ogromny kryzys swej tożsamości w czasach husyckich w XV w. Nastąpiło wówczas osłabienie środowiska katolickiego. Ruch husycki odbierany był jako narodowy. By ograniczyć wpływ husytów w latach 1419–1436 król Zygmunt Luksemburski przy wsparciu papiestwa organizował kolejne krucjaty antyhusyckieGeorg Denzler, Carl Andresen, Leksykon historii Kościoła. Warszawa 2005, s.148.. Kolejny cios strukturze kościelnej zadał okres reformacji i walk międzywyznaniowych. Wówczas liczba katolików spadła do 10%.
Cuius regio, eius religio, czyli zasada uzgodniona dla obszaru Czech (jako części składowej Cesarstwa Rzymskiego – Rzeszy) dawała monarchom prawo wyboru wyznania oraz narzucania go swoim poddanym. Jako opiekunowie katolicyzmu wystąpiła dynastia Habsburgów. Habsburgowie – jako dynastia rzymskokatolicka i władająca krajami o takim wyznaniu na półwyspie Iberyjskim, w Amerykach i w Europie Środkowej, nie wspierała ani nie chroniła czeskich środowisk niekatolickich.