Latem 2000 Schober odszedł do Hamburger SV, w którym spędził jeden sezon, ale pierwszym golkiperem hamburskiego klubu był Hans-Jörg Butt. W 2001 roku Mathias trafił do Hansy Rostock, w której wreszcie zaczął występować w pierwszym składzie. Przez kolejne sezony jego pozycja w zespole ze wschodnich Niemiec była niepodważalna, ale w 2005 roku Hansa opuściła niemiecką ekstraklasę. Schober nie odszedł do żadnego klubu i w kolejnych dwóch sezonach walczył o powrót do elity i sztuka ta udała mu się z Hansą w sezonie 2006/2007. Latem odszedł jednak z klubu i wrócił do Schalke, do którego ściągnął go trener Mirko Slomka. W Schalke pełnił rolę rezerwowego dla Manuela Neuera.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1994/95 FC Schalke 04
Bundesliga 0 0 1995/96 FC Schalke 04
Bundesliga 0 0 1996/97 FC Schalke 04
Bundesliga 1 0 1997/98 FC Schalke 04
Bundesliga 0 0 1998/99 FC Schalke 04
Bundesliga 14 0 1999/00 FC Schalke 04
Bundesliga 10 0 2000/01 Hamburger SV
Bundesliga 3 0 2001/02 Hansa Rostock
Bundesliga 22 0 2002/03 Hansa Rostock
Bundesliga 34 0 2003/04 Hansa Rostock
Bundesliga 33 0 2004/05 Hansa Rostock
Bundesliga 34 0 2005/06 Hansa Rostock
2. Bundesliga 34 0 2006/07 Hansa Rostock
2.