W 1248 r. papież zaoferował Gertrudzie małżeństwo z Wilhelmem Holenderskim lub jego bratem Florencjuszem. Zamiast niego w połowie tego roku poślubiła margrabiego badeńskiego Hermana (zm. 4 października 1250 r.). W czerwcu 1252 r. Gertruda zawarła w Heimburgu trzecie małżeństwo z księciem halickim Romanem Daniłowiczem. Związek został zawarty za sprawą króla węgierskiego Beli IV. Małżeństwo okazało się krótkotrwałe. Jego zawarciem poczuł się zagrożony król czeski Przemysł Ottokar II od 1251 r. noszący tytuł księcia Austrii. Rozpoczął on działania wojenne i obległ Romana i Gertrudę na zamku niedaleko Wiednia. W drugiej połowie 1253 r. Roman uciekł na Ruś i tym samym rozpadło się jego małżeństwo. Na mocy układu pokojowego Gertruda otrzymała część Styrii, 400 grzywien srebra rocznie. Zamieszkała w Voitsbergu i Judenburgu. Po rozwodzie z Małgorzatą Babenberg król Przemysł Ottokar II stał się przeciwnikiem Gertrudy. W 1267 r. odebrał jej dobra, a dwa lata później wypędził z kraju. Znalazła schronienie w Miśni. Zmarła w klasztorze klarysek w Seußlitz koło Miśni i tam została pochowana.