W XIX w. i na początku wieku XX, kościół służył naprzemiennie celom liturgicznym i muzealnym. Carl Georg Heise, dyrektor lubeckiego muzeum sztuki, planował tu nawet wystawę zbiorów odlewów gipsowych dzieł pochodzących z Lubeki. Po dziś dzień zachował się monumentalny odlew rzeźby św. Jerzego, wykonanej na zlecenie szwedzkiego regenta Stena Sture Starszego przez Bernta Notkego by upamiętnić bitwę pod Brunkebergiem. Oryginał rzeźby znajduje się w kościele św. Mikołaja w Sztokholmie.
Po tym jak większość kościołów w centrum miasta została zburzona w czasie bombardowań alianckich w 1942, kościół św. Katarzyny ponownie służył celom liturgicznym.
Jedną z kaplic bocznych oddano rosyjskiemu kościołowi prawosławnemu, który użytkuje ją po dziś dzień jako kościół św. Prokopa. Grecki kościół prawosławny odprawiał msze w prezbiterium dolnym. Od początku lat 80. kościół udziela pomieszczeń Bractwu Świętego Piusa X, które celebruje msze w rycie trydenckim.