Historia miasta w okresie od upadku cesarstwa rzymskiego do XII wieku nie jest znana. We wspomnianym stuleciu staje się ono obiektem walk pomiędzy wojskami muzułmańskimi i chrześcijańskimi – w 1169 zdobył je Ferdynand II, król Leónu, rok później powstał zakon rycerski Bracia z Cáceres, którego zadaniem była obrona zdobyczy przed muzułmanami. W roku 1173 osadę odbił Abu Jusuf I – kalif z dynastii Almohadów i zarządził odbudowę fortyfikacji na bazie murów rzymskich. Niektóre ze zbudowanych wtedy wież istnieją do dziś. 23 kwietnia 1229 (w dzień św. Jerzego) miasto podbił Alfons IX, król Leónu, włączając okoliczne ziemie do swojego królestwa. Święty Jerzy stał się od tego momentu patronem miasta, które pozostało już w rękach chrześcijańskich.
Po przejściu frontu rekonkwisty osada zaczęła się dynamicznie rozbudowywać, a czas jej największego rozwoju datowany jest na wieki XV i XVI. Z tego okresu pochodzi zdecydowana większość budynków ze strefy otoczonej obwarowaniami. W latach 1497 i 1499 Cáceres odwiedzali Królowie Katoliccy – Izabela Kastylijska i Ferdynand Aragoński – wydając nowe rozporządzenia regulujące status ośrodka miejskiego. Rozwój w owym czasie miasto częściowo zawdzięcza również napływowi bogactw z tzw. Nowego Świata, jako że duża część konkwistadorów pochodziła właśnie z tej części Hiszpanii.