Drugi sezon zakończył się 29 maja 2009 roku. Tego dnia Ruch Chorzów zremisował z Legią Warszawa 2:2 (10 czerwca zweryfikowano jako walkower na niekorzyść „Wojskowych”), co wystarczyło aby zdobyć tytuł Mistrza Młodej Ekstraklasy. Ruch zdeklasował rywali pod każdym względem – zdobył najwięcej bramek (54), najmniej ich stracił (28), najrzadziej schodził z boiska jako przegrana drużyna (7). Drugie miejsce zajął klub Wisła Kraków, trzecie Polonia Warszawa, czwarte Lechia Gdańsk, które miały po 50 punktów, tracąc 3 punkty do Mistrza.
Zarówno trzeci, jak i czwarty sezon rozgrywek zostały wygrane przez młodych zawodników Zagłębia Lubin, a dwukrotnie wicemistrzem w tym czasie zostawała Legia Warszawa. Warto dodać, że w sezonie 2010/2011 jeden mecz każdej kolejki pokazywany był na żywo w stacji Orange Sport.
W ostatnich dwóch sezonach dwukrotnie triumfowała Legia Warszawa.
20 marca 2013 roku na posiedzeniu zarządu Ekstraklasy SA podjęto decyzję o zaprzestaniu rozgrywania rozgrywek Młodej Ekstraklasy (sezon 2012/2013 miał być ostatnim i utworzeniu Centralnej Ligi Juniorów.