Znaczna część Tomb Raider III rozgrywa się w lokalizacjach podwodnych. W niektórych znajdują się piranie zabijające Larę w ciągu kilku sekund, w innych występują silne prądy mogące porwać postać w jednym kierunku, uniemożliwiając powrót czy chwycenie się krawędzi. Na Antarktydzie pływanie możliwe jest tylko przez kilka sekund, zanim Lara zamarznie. W określonych miejscach gracz może przedzierać się przez ruchome piaski, ryzykując jednak utonięcie w nich. Gdzie indziej możliwe jest korzystanie z pojazdów; kajak chociażby pomaga sprawniej przedostać się przez bystrza wąwozu, a minibatyskaf zbadać zbyt głębokie dla człowieka obszary podwodne. Wśród innych dostępnych dla Lary pojazdów znajdują się także quad, łódka i wózki górnicze. Ciemne obszary oświetlać można po odpaleniu flar, które wraz z amunicją i apteczkami Lara zbiera podczas eksploracji poziomów. Podobnie jak w poprzednich odsłonach, dom Lary służy jako poziom treningowy, w którym może ćwiczyć ona akrobacje czy walkę, umożliwiając graczowi zapoznanie się ze sterowaniem.