W październiku 1878 r. pojawił się w Galicji, w zaborze austriackim. Działał najpierw we Lwowie, a potem w Krakowie, tam też założył sieć tajnych kółek socjalistycznych i zetknął się ze swym późniejszym polemistą, Bolesławem Limanowskim. Jednakże 8 lutego 1879 r., z powodu donosu drukarza Antoniego Koziańskiego, został zlokalizowany przez władze austriackie i trafił do aresztu, gdzie był bity przez policję. Więziono go przez ponad rok, przed sądem (wraz z trzydziestoma czterema innymi oskarżonymi socjalistami) stanął 16 lutego 1880 roku. Proces zakończył się oczyszczeniem z najcięższych zarzutów. Waryński wykorzystał sprawę do wygłoszenia długiej przemowy, w której bronił ideałów socjalizmu. Ostatecznie został skazany jedynie na siedem dni aresztu za posługiwanie się fałszywymi dokumentami. Po odbyciu kary został wydalony z terytorium Austro-Węgier i udał się na emigrację do Szwajcarii.