W 1938 roku otrzymał Srebrny Krzyż Zasługi za zasługi na polu pracy zawodowejEugeniusz Cękalski – Film Polski.
W czasie II wojny światowej, w 1940 roku wyjechał do Francji, gdzie był dyrektorem Biura Filmowego Ministerstwa Informacji i Dokumentacji Rządu RP na Uchodźstwie, później w Wielkiej Brytanii i USA. W tym czasie reżyserował filmy dokumentalne i propagandowe o tematyce wojennej. W 1941 jego film Biały Orzeł został nominowany do Nagrody Akademii Filmowej w kategorii „najlepszy film dokumentalny”.
Po zakończeniu wojny, w 1946 roku powrócił do kraju. Po zadekretowaniu przez zjazd filmowców w Wiśle socrealizmu jako jedynej obowiązującej poetyki, nakręcił kilka filmów zgodnie z socrealistycznymi postulatami – szczególny rozgłos zdobyły Jasne Łany (1947), odrzucone przez publiczność i będące przez długi czas obiektem dowcipów.
Cękalski był także uznanym pedagogiem – dziekanem wydziału reżyserskiego PWST, autorem kilku podręczników.
W 1934 roku ożenił się z Janiną Dłuską, która była współautorką scenariusza do filmu Strachy.