jest członkiem Komitetu Badań Polonii i Migracji PAN (później członkiem prezydium), Komitetu Badań Polonii i Migracji PAN, Komitetu Badań nad Migracjami PAN, jest członkiem Towarzystwa Naukowego Sandomierskiego. W latach 1999–2004 pełnił funkcję prodziekana Wydziału Politologii UMCS ds. Badań Naukowych i Współpracy z Zagranicą. W latach 2004–2005 był dziekanem Wydziału Politologii UMCS. Następnie został prorektorem Państwowej Wyższej Szkoły Zawodowej w Zamościu. Został odznaczony Srebrnym i Złotym (2001) Krzyżem Zasługi.
Zainteresowania naukowe Henryka Chałupczaka obejmują stosunki międzynarodowe, politologię, historię najnowszą. Szczególnie interesuje się politykami szczegółowymi, w tym etniczną, migracyjna i bezpieczeństwa, zagadnieniem mniejszości narodowych i ich rolą w stosunkach międzynarodowych, w tym szczególnie polsko-niemieckich, procesami transformacji, integracji oraz globalizacji. Jako student, w ramach studenckiego ruchu naukowego, uczestniczył w badaniach przemian świadomości społecznej ludności tworzącego się wówczas Lubelskiego Zagłębia Węglowego. Od roku 1975 przez kilkanaście lat uczestniczył w realizacji programów w ramach Centralnego Programu Badań Podstawowych, a potem programu „Niemcy – Polska. Tradycje i dążenia”.