Jan był niezadowolny z postanowień traktatu z Arras. Popadł w konflikt z królem Karolem VII i wziął udział w rewolcie w latach 1439–1440 - co król mu wybaczył. W 1449 wziął udział w inwazji na Normandię, ale od 1440 nieroztropnie zaczął korespondować z Anglikami. W 1456 został aresztowany przez Jean de Dunois i uwięziony w Aigues-Mortes. W 1458 został skazany na śmierć, ale wyroku nie wykonano i przeniesiono go do Loches. Po wstąpieniu na tron Ludwika XI w 1461 Jan został uwolniony pod określonymi warunkami, odmówił spełnienia obietnic i uwięziono go ponownie. 18 lipca 1474 został osądzony przez parlament paryski i ponownie skazany na śmierć, a jego księstwo skonfiskowano. Prawdopodobnie wyroku znowu nie wykonano i Jan zmarł w więzieniu w Luwrze, w 1476 – być może jednak wyrok wykonano.
Potomstwo 30 kwietnia 1437 w Chateau L'Isle-Jourdain, ożenił Marią d'Armagnac z Akwitanii (ok. 1420–1473), córką Jana IV d'Armagnac. Miał z nią następujące potomstwo: Katarzynę d’Alençon (1452–1505), od 1461 żonę Franciszka XIV Montmorency, hrabiego Laval (zm.